اندازهٔ غیرمعمول اژدهای کومودو به پدیدهٔ غول‌پیکری جزیره‌ای نسبت داده شده است، چرا که هیچ جانور گوشت‌خوار دیگری که بتواند رقیب غذایی آنها باشد در این جزایر حضور ندارد. با این حال پژوهش‌های تازه نشان داده‌اند که اندازهٔ بزرگ اژدهای کومودو را می‌توان به صورت بهتری به این شکل توضیح داد که آن‌ها صرفاً باقی‌ماندهٔ بزمجه‌مارمولک‌هایی بسیار بزرگ‌جثه هستند که روزگاری در اندونزی و استرالیا زندگی می‌کرده‌اند، ولی بیشترشان – به همراه دیگر بزرگ‌زیاگان – پس از دوران پلیستوسن منقرض شده‌اند. سنگواره‌هایی بسیار شبیه به اژدهای کومودو در استرالیا پیدا شده که تاریخ آن‌ها مربوط به ۳٫۸ میلیون سال پیش است. در جزیره فلورس اندازهٔ بدن آن‌ها کمابیش در طی ۹۰۰٬۰۰۰ سال اخیر به همان شکل پیشین باقی‌مانده است. این دوره‌ای است که با دگرگونی‌های زیاد در زیاگان جزیره و انقراض بزرگ‌زیاگان آن، و آمدن نخستین انسان‌سانان در ۸۸۰ هزار سال پیش شناخته می‌شود.